Первоначальный облик шотландской кошки очень отличался от современных требований. При попытке закрепления гена вислоухости первые заводчики столкнулись с негативными проявлениями мутации при проведении вязок фолд&фолд, потомки имели нарушения опорно-двигательной системы, укороченные кости, срощенные позвонки, утолщенные сочленения. После перемещения центра племенного разведения в Америку, благодаря научному подходу и привлечению опытных генетиков было доказано, что ген вислоухости становится опасным только в гомозиготной форме. Были разработаны экспериментальные программы, в которых на роль партнеров предложены экзоты, британские и американские короткошерстные. При вязках с экзотами и британцами в пометах попадались котята, у которых с возрастом хвост терял подвижность, вплоть до полного сращивания позвонков, что вдобавок отражалось и на позвоночнике. Впоследствии экзотов убрали из племенных программ скоттиш фолдов. Отбор на удлинение хвоста снижает риск проявления аномалий в строении суставов, но в свою очередь привел к общему облегчению типа.

Развитие породы невозможно без шотландских прямоухих, которые также бывают как с длинной, так и с короткой шерстью. Многие американские заводчики склонны к одному мнению: при вязке длинношерстного производителя на длинношерстного, часто получается очень длинная и густая шерсть подобно персидской породе, а вот обладатели самых роскошных шуб получаются при вязке длинношерстного производителя на короткошерстного, но чтоб у последнего обязательно было присутствие хайлендов в родителях или дедах.